Cercetătorii caracterizează peisajul imunitar în cancer

Un studiu inovator condus de cercetători de la Icahn School of Medicine at Mount Sinai și colaboratori de la instituții de prestigiu a prezentat o analiză proteogenomică cuprinzătoare a micromediului imunitar tumoral (TME) din 1.056 de probe de tumoră din 10 tipuri diferite de cancer, utilizând setul de date proteogenomice pan-cancer de la Consorțiul Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC). Acest set de date multi-omic integrează date genomice, transcriptomice, epigenomice și proteomice, inclusiv cuantificarea proteinelor pe bază de spectrometrie de masă și modificările post-translaționale.

Constatările cheie ale studiului includ:

• 1. Identificarea subtipului imunitar: În ciuda diversității dintre cele 10 tipuri de cancer, analiza a identificat șapte subtipuri imunitare pan-cancer, sugerând o bază moleculară comună pentru răspunsul imun la pacienții cu cancer. Acest lucru indică potențialul pentru strategii de imunoterapie generalizabile în diferite tipuri de cancer.
• 2. Eterogenitatea micromediului tumoral: a existat o eterogenitate semnificativă observată în procentele de celule tumorale, imune și compozițiile celulelor stromale în diferite tipuri de cancer. De exemplu, carcinomul cu celule renale cu celule clare (CCRCC), adenocarcinomul pulmonar (LUAD) și adenocarcinomul ductal pancreatic (PDAC) au prezentat cea mai mare infiltrație imună.
• 3. Asociere cu rezultatele pacientului: Studiul a găsit corelații între procentele diferitelor tipuri de celule și supraviețuirea fără progresie (PFS) în mai multe tipuri de cancer. Creșterea celulelor T CD8+ a fost asociată cu PFS mai bună în CCRCC, LUAD și PDAC, dar cu PFS mai proastă în cancerul uterin (UCEC).
• 4. Caracterizarea activității kinazei: Prin cuplarea fosfoproteomicelor profunde cu analiza de îmbogățire a kinazei, studiul a caracterizat activitățile kinazei în cadrul diferitelor subtipuri imunitare, dezvăluind atât ținte terapeutice cunoscute, cât și potențial noi.
• 5. Perspective în patologia digitală: Algoritmii de învățare automată aplicați imaginilor de patologie digitale au arătat corelații între subtipurile imune și infiltratele limfocitare vizuale, progresând înțelegerea strategiilor de activare și evaziune imună utilizate de tumori.
• 6. Portaluri web server: Au fost dezvoltate două portaluri web ușor de utilizat pentru a facilita explorarea în continuare a resurselor bogate de date generate de acest studiu, sporind accesibilitatea constatărilor pentru comunitatea de cercetare mai largă.

Studiul avansează înțelegerea interacțiunilor complexe din cadrul micromediului imunitar tumoral și evidențiază potențialul de valorificare a sistemului imunitar în terapia cancerului. Acesta subliniază valoarea integrării datelor proteomice cu date genomice și alte date omice pentru a obține informații mai profunde asupra biologiei cancerului și a peisajului imunitar, deschizând calea pentru strategii imunoterapeutice îmbunătățite.

sursa: Science Daily
foto: Mount Sinai Newsroom